Thực tế cho thấy, nhiều bộ quản lý đa ngành, đa lĩnh vực có những tổng cục, cục có chức năng quản lý nhà nước và nhu cầu thanh tra lớn nhưng do Luật không cho phép thành lập tổ chức thanh tra nên đã tổ chức thành các đơn vị tham mưu về công tác thanh tra, không có đầy đủ nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan thanh tra nên hoạt động gặp nhiều khó khăn, hạn chế.